আজকের জগন্নাথ বিশ্ববিদ্যালয় ১৮৫৮ সালে ব্রাহ্ম স্কুল হিসেবে যাত্রা শুরু করে। ১৮৭২ সালে বালিয়াটির জমিদার কিশোরীলাল রায় চৌধুরী তার বাবার নামে জগন্নাথ স্কুল নামকরণ করেন।

১৮৮৪ সালে জগন্নাথ স্কুল একটি দ্বিতীয় শ্রেণি এবং ১৯০৮ সালে প্রথম শ্রেণির জগন্নাথ কলেজে পরিণত হয়। রাজধানী ঢাকার সদরঘাটে স্বায়ত্তশাসিত পাবলিক বিশ্ববিদ্যালয়টি ২০০৫ সালে পূর্ণাঙ্গ বিশ্ববিদ্যালয় হিসেবে ঘোষণা হয়।

এর আগে ছিল জগন্নাথ কলেজ। প্রথম উপাচার্যের ভার নেন অধ্যাপক ড. এ. কে. এম. সিরাজুল ইসলাম খান। যেখানে এখন প্রায় ১৮ হাজার ছাত্রছাত্রী লেখাপড়া করছেন। যদিও ১৯২১ সালে ঢাকা বিশ্ববিদ্যালয় প্রতিষ্ঠা শুরু হলে জগন্নাথ কলেজের স্নাতক কার্যক্রম বন্ধ করে দেওয়া হয়। সে সময় ঢাকা বিশ্ববিদ্যালয়ের গ্রন্থাগার সাজাতে জগন্নাথ কলেজ গ্রন্থাগারে ৫০ ভাগ বই দান করা হয়। এরপর ২০০৫। আকাক্সিক্ষত সেই দিন আসে। প্রতিবছর ২০ অক্টোবর জগন্নাথ বিশ্ববিদ্যালয় দিবস হিসেবে পালন করা হয়।