জামায়াতের আমীর মকবুল আহমদকে পাঠানো লিখিত পদত্যাগপত্রে  তিনি পদত্যাগের কারণ হিসেবে ১৯৭১ সালের মুক্তিযুদ্ধে চলাকালে জামায়াতের ভূমিকাকে টেনে এনেছেন। পদত্যাগপত্রে রাজ্জাক লিখেছেন- তিনি দুই দশক ধরে দলের শীর্ষ নেতাদের বোঝাতে চেয়েছেন যে, জামায়াত যেন একাত্তরের ভূমিকার জন্য জাতির কাছ ক্ষমা চায়। কিন্তু স্বাধীনতার চার দশক পরও জামায়াত সেটি করেনি।

পদত্যাগপত্রে ব্যারিস্টার রাজ্জাক আরও উল্লেখ  করেন, স্বাধীনতায় বিরোধিতার জন্য তিনি জামায়াতকে বিলুপ্ত করে দেয়ারও প্রস্তাব করেছিলেন দলীয় ফোরামে। 

এছাড়া পদত্যাগপত্রে তিনি আরও উল্লেখ করেন যে বাংলাদেশের ধর্মনিরপেক্ষ সংবিধানের আওতায় ইসলামি মূল্যবোধের ভিত্তিতে একটি গণতান্ত্রিক দল গড়ে তোলা এখন সময়ের দাবি, কিন্তু সে দাবি অনুযায়ী জামায়াত নিজেকে এখন পর্যন্ত সংস্কার করতে পারেনি। তিনি বলেন, "অতীতের যেকোনো সময়ের তুলনায় এখন ৭১-এ মুক্তিযুদ্ধ চলাকালে জামায়াতের ক্ষতিকর ভূমিকা সম্পর্কে ভুল স্বীকার করে জাতির সাথে সে সময়ের নেতাদের পক্ষ থেকে ক্ষমা চেয়ে পরিস্কার অবস্থান নেয়া জরুরি হয়ে পড়েছে"।

তাঁর মতে, জামায়াত ৬০-এর দশকে সব সংগ্রামে যেমন অংশ নিয়েছে, তেমনি ৮০-র দশকে আট দল, সাত দল ও পাঁচ দলের সাথে যুগপৎভাবে সামরিক স্বৈরাচারের বিরুদ্ধে সংগ্রাম করেছে। মি. রাজ্জাক তাঁর পদত্যাগ পত্রে বলেন, "কিন্তু দলটির এসব অসামান্য অবদান ৭১-এ বাংলাদেশের স্বাধীনতা সংগ্রামে তার ভুল রাজনৈতিক ভূমিকার কারণে স্বীকৃতি পায়নি। মুক্তিযুদ্ধের বিরোধিতা পরবর্তীকালে জামায়াতের সব সাফল্য ও অর্জন ম্লান করে দিয়েছে"।

বর্তমানে যুক্তরাজ্যে অবস্থান করছেন বাংলাদেশ সুপ্রিমকোর্টের এ আইনজীবী।যুক্তরাজ্যের এসেক্সের বারকিং থেকে তিনি চিঠিটি আমিরে জামায়াত বরাবর পাঠিয়েছেন। লন্ডন যাওয়ার আগে পর্যন্ত তিনি মানবতাবিরোধী অপরাধের মামলায় সে সময়ে আটক থাকা জামায়াত নেতাদের প্রধান কৌসুলি হিসেবে দায়িত্ব পালন করেন।

যুদ্ধাপরাধে অভিযুক্ত দল জামায়াত নিষিদ্ধ করার বিষয়ে যখন জোর আলোচনা হচ্ছে এবং পরিবর্তিত পরিস্থিতিতে জামায়াত যখন নাম পরিবর্তন করে নতুন নামে রাজনীতি শুরু করার চিন্তা করছে, তখন দলটির এই জ্যেষ্ঠ নেতার পদত্যাগের খবর এলো।