আল্লামা শফীকে হত্যার অভিযোগ এনে গত বছরের ১৭ ডিসেম্বর চট্টগ্রাম সিনিয়র জুডিশিয়াল ম্যাজিস্ট্রেট শিবলু কুমার দের আদালতে মামলার আবেদন করেন তার শ্যালক মোহাম্মদ মাঈনুদ্দিন। আদালত মামলাটি আমলে নিয়ে পিবিআইকে তদন্তের দায়িত্ব দেন।

ওই মামলায় ৩৬ জনকে আসামি করা হলেও এতে ৪৩ জনের সম্পৃক্ততা পেয়েছে পিবিআই। এর মধ্যে আদালতে পরিবারের পক্ষ থেকে দেয়া অভিযোগ থেকে ৫ জন বাদ পড়লেও নতুন করে সম্পৃক্ত করা হয়েছে আরও ১২ জনকে। নানাভাবে নির্যাতন করে আল্লামা আহমদ শফিকে মৃত্যুর মুখে ঠেলে দেয়া হয়েছিলো বলে অভিযোগে উল্লেখ করা হয়।

মামলায় হেফাজতের যুগ্ম মহাসচিব আল্লামা মামুনুল হককে আসামি করা হয়। অন্য অভিযুক্তরা হলেন- নাছির উদ্দিন মুনির, আজিজুল হক ইসলামাবাদী, মীর ইদ্রিস, হাবিব উল্লাহ, আহসান উল্লাহ, জাকারিয়া নোমান ফয়েজী, নুরুজ্জামান নোমানী, আব্দুল মতিন, মো. শহীদুল্লাহ, মো. রিজওয়ান আরমান প্রমুখ। এ ছাড়া মামলায় অজ্ঞাতনামা আরো ৮০-৯০ জনকে আসামি করা হয়।

হেফাজতে ইসলামের আমির আল্লামা শাহ আহমদ শফী গত বছরের সেপ্টেম্বরে রাজধানীর আজগর আলী হাসপাতালে চিকিৎসাধীন অবস্থায় ইন্তেকাল করেন। মৃত্যুকালে আহমদ শফীর বয়স হয়েছিল ১০৩ বছর।